郭嵩焘的胞弟郭昆焘写信给老兄，以为是他开府的吉兆。左宗棠得知其事，大为不悦，说“文庙产灵芝。
如果是吉兆，亦当应在我封爵一事上面，与郭家何干？“由此生了意见。
其实，湘阴文庙产灵芝，是常有之事，左宗棠亦不至于小气到连这种事都要争，真正的原因是，洪杨军兴以后，带兵大员，就地筹饷，真所谓“有土斯有财”。李鸿章最懂得这个道理，所以始终霸住江苏，尤其是上海这个地盘不放，左宗棠却只得浙江一省，每苦不足，看出广东是大有生发之地。
所以狠狠心不顾感情友谊，一再攻讦郭嵩焘。最后终于如愿以偿，由他的大
将蒋益澧接了郭嵩焘的手。不过蒋益澧的广东巡抚，干不多久就被调走了。
郭嵩焘因此郁郁不得志。光绪建元，起用在籍大员，他跟曾国荃同被征召至京，曾国荃放了陕西巡抚，因为不愿与陕甘总督左宗棠共事，改任河东河道总督，郭嵩焘则奉派为福建按察史。这在当过巡抚的人来说，是很委屈的，不过他还是接了事。不久，诏命开缺，以侍郎候补，充任出使英国钦差大臣。
其时云南发生英国公使翻译马嘉理，越滇缅边境接应英国武装“探路队”，为中国军民所杀，因而引起的很严重的交涉。英国公使咸妥玛表示，郭嵩焘出使英国，如果在国书上表明中国认错字样，可即赴任，否则应候云南案结后再赴英国。总署诸大臣都认为中国不能认错，郭嵩焘亦就不能出国，奉旨署理兵部侍郎，并在总署行走。
郭嵩焘对办洋务，一面主张公平合理，认为非此不足以析服洋人。他认为马嘉理被杀一案，云南巡抚岑毓英不能说没有责任，当案发以后，意存掩护，又不查明击杀情由，据实奏报，一味倭罪于深山中的野人。而朝中士大夫又因为官兵所杀的是洋人，群起袒护岑毓英，以至于英国更觉不平，态度亦日趋强硬。郭嵩焘以为，这件纠纷固结不解，全由不讲公平、不讲事理之故，因而奉命入总署之日，便单衔上奏，请旨“将岑毓英先后酿成事端之处，交部严加议处，以为恃虚骄之气，而不务沉心观理、考察详情，以贻累国家者戒。”
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